Dass man im Prinzip eine Transkription spielt, wenn man Bach auf dem Klavier interpretiert - darüber sollte man sich im Klaren sein. Die Busoni-Ausgabe der Inventionen wird Bach mit Sicherheit sehr viel mehr gerecht als jeder Versuch, auf dem Klavier das Cembalo zu imitieren. Ich bin mir ziemlich sicher, dass Bach selbst seine Werke auf dem Clavichord ganz anders gespielt hat als auf dem Cembalo - nicht nur, was die Dynamik angeht sondern auch hinsichtlich der Artikulation.
Die grundsätzliche Musizierweise, nämlich das man die Taktschwerpunkte betont, ist instrumentenunabhängig, darüber sind wir uns offenbar einig.
Das Bach seine Werke auf den Clavichord ganz anders gespielt hat als auf dem Cembalo, ist ja wohl auch klar. Das Clavichord kann - noch viel extremer als das Klavier in der Dynamik nach leise hin - viele Dynamikunterschiede darstellen, also ganz im Gegensatz zum Cembalo. Und im Gegensatz zum Klavier sogar noch ein Vibrato erzeugen (wenn man an der Klaviertaste genauso wackeln würde, tut sich da leider nicht viel...).
Es ist zumindest eindeutiger, den Hauptschwerpunkt eben nicht nur durch Dynamikakzente, sondern auch durch Artikulation deutlich zu machen. Das umso mehr, als dass in der Barockmusik die verschiedenen Taktschwerpunkte normalerweise auch noch unterschiedlich gewichtet sind. Der Hauptakzent kommt - in aller Regel - auf den 1. Taktschlag eines jeden Taktes, der nächstwichtige Taktschwerpunkt ist der 3. Taktschlag (bei einem 4/4-Takt), usw.
Das war zur Bachzeit auch bei Tasteninstrumenten der Fall, die Dynamikunterschiede können (wie das Clavichord). Und es war auch bei der Violine der Fall. Daraus, das ein paar Stellen gefunden wurden im riesigen Bach-Oevre, wo z.B. bei Violinstücken in Taktschwerpunkte hineingebunden wurde wie im Beispiel der von dir gezeigten Courante aus der h-moll-Partita, sollte man nicht den Schluss ziehen, dass das die Regel war. Man findet im Gegensatz eher tausende Stellen, wo eben die Bögen am Taktende zu Ende sind. Das ist also die Regel, und nicht die Ausnahme, auch bei Instrumenten, die Dynamikunterschiede können. Kein Komponist hat sich die Mühe gemacht, Bögen einzuzeichnen, die der normalen Musizierpraxis der damaligen Zeit entsprachen, sondern eher, wenn etwas besonders deutlich gemacht werden soll, oder wenn die Bögen aus dem Schema ausbrechen wie in dem von dir gezeigten Beispiel (bei dem, wenn man genau hinschaut in der Vergrößerung, die Strichführung anders ist als bei anderen Bögen, also so als ob es nachträglich eingezeichnet wurde im Autograph - das nur nebenbei. Damit will ich aber nicht kleinreden, dass du da offenbar eine Stelle gefunden hast, abweichend vom "normalen" Schema).